Pusat pemerintahan Desa Patengan terletak di Jalan Raya Patengan KM 1. Seperti halnya desa pada umumnya, Desa Patengan dipimpin oleh seorang Kepala Desa yang dibantu oleh jajaran aparatur desa lainnya dalam menjalankan roda pemerintahan dan pelayanan kepada masyarakat. Berikut merupakan struktur organisasi yang terdapat di Desa Patengan.
- Badan Permusyawaratan Desa (BPD)
- Lembaga Pemberdayaan Masyarakat Desa (LPMD)
- Badan Usaha Milik Desa (BUMDes)
- Tim Penggerak PKK (TP-PKK)
- Karang Taruna
- Lembaga Masyarakat Desa Hutan (LMDH)
- Satuan Perlindungan Masyarakat (Satlinmas)
- Pusat Kesejahteraan Sosial (Puskesos)
- Majelis Ulama Indonesia (MUI)
- Tim Pengendalian Inflasi Daerah (TPID)